ถ้าหากผู้ชำนาญการไม่ทำงานที่ใดเป็นการถาวร แต่ต้องช่วยงานไปในจุดต่างๆ คาบเกี่ยวไปหลายๆ แผนกแล้ว ก็ย่อมเป็นการยากที่จะเห็นชัดถึงขอบเขตงานที่ถูกต้อง

  แรงจูงใจอาจถูกกระทบตลอดเวลา ถ้าหากได้มีการโยกย้ายเปลี่ยนสภาพงาน เช่น การย้ายพยาบาลจากโรงพยาบาลใหญ่ไปประจำสถานพยาบาลย่อย ก็ย่อมทำให้ขวัญและกำลังใจตกต่ำได้

  ปัญหายุ่งยากที่สุด คือ งานของผู้ชำนาญกร นับว่าวัดและประเมินคุณค่าได้ยากกว่าปกติอื่นๆ เช่น งานผลิต หรืองานขาย

  เรื่องสำคัญ คือ การบริหารค่าตอบแทนจะยากลำบาก โดยเฉพาะกรณีที่ต้องแข่งขันหาบุคลากรพิเศษที่เป็นผู้ชำนาญการเข้ามา ซึ่งการให้เงินเดือนเริ่มแรกและการขึ้นเงินเดือนเป็นพิเศษจะก่อปัญหาต่อแผนงานและโครงสร้างการบริหารค่าจ้างและเงินเดือนเป็นอย่างมาก

  ปัญหาที่น่ากลัวที่สุดและอาจเป็นปัญหามากกว่ากลุ่มอื่น คือ การล้าสมัยกลายเป็นคนตามไม่ทันเหตุการณ์ ซึ่งถ้าหากเกิดกับกลุ่มวิชาชีพหรือผู้ชำนาญการเหล่านี้แล้ว การแก้ไขปัญหาจะยากลำบากเป็นพิเศษ จนบางกรณีอาจจะทำให้ต้องท้อแท้เพราะแก้ไขไม่ได้